Главная > Протеомные и геномные исследования > Биоинформатика

Биоинформатика

Анализ геномов и протеомов живых организмов, отличающихся чрезвычайной сложностью, требует профессионального применения биоинформатики. Активная расшифровка бактериальных геномов происходит и в России. Новое подразделение ЛИТЕХа - “Kномикс” предлагает поддержку в проведении биоинформатического анализа бактериальных геномов, полученных c помощью полногеномного (NGS) секвенирования. Обсчёт проводится на мощном вычислительном кластере. Возможны следующие виды услуг:

  • Оценка качества и предобработка данных;
  • Сборка генома de-novo несколькими программами-сборщиками, выбор оптимальной сборки;
  • Таксономическая классификация;
  • Аннотация генома, построение метаболической карты;
  • Поиск плазмид;
  • Сравнительный анализ микроорганизма, полученного в результате сборки генома:

- Cравнение геномов штаммов данного вида или видов,
- Нахождение ближайшего родственника исследуемого микроорганизма по геномной базе NCBI GenBank,
- Множественное выравнивание,
- Анализ общих и уникальных генов, гомологичных групп,
- Филогенетический анализ

  • Депонирование генома в базу NCBI Genebank;
  • Оформление материала для публикации в он-лайн журнале Genome Announcements.

Методы биоинформатики всё чаще самостоятельно применяются молекулярными биологами для анализа экспериментальных данных. Cотрудники Кномикс проводят обучение основам биоинформатического анализа данных высокопроизводи-тельного секвенирования. Четырёхдневный курс сертифицирован компаниями-производителями NGS-оборудования. Курс состоит из лекций и практических заданий и позволяет освоить навыки первичной обработки данных. В рамках курса может быть проведен анализ собственных экспериментальных данных. По окончании обеспечивается поддержка обучаемых в течение полугода.
Применение масс-спектрометрии сделало возможным одновременное комплексное исследование тысяч белков и пептидов клетки. Для анализа больших групп белков и их взаимодействий между собой и с другими классами соединений необходим совместный анализ геномов и масс-спектров. Появляются новые задачи. Поэтому не менее важны для наших специалистов-биоинформатиков разработка новых алгоритмов и программ анализа биологических данных наряду с разработкой новых баз данных.
Более подробную информацию можно найти на сайте www.knomics.ru.