Главная > SNP

SNP

SNP Sigle Nucleotide Polymorphisms ADV

 

Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для анализа генетических полиморфизмов

В настоящее время высокопроизводительный подход выявления олигонуклеотидных полиморфизмов (SNP), основанный на реакции минисеквенирования с последующим MALDI-TOF-масс-спектрометрическим исследованием успешно используется для масштабного генотипирования человека.

SNP(Single Nucleotide Polymorphisms) - точечные замены одного нуклеотида в цепи ДНК.

SNPs представляют собой наследуемые генетические варианты (аллели).

Геном человека насчитывает примерно 10 млн SNP.

Точечные полиморфизмы не являются непосредственной и обязательной причиной развития заболевания, но могут обуславливать больший или меньший риск его развития при действии различных факторов.

MALDI-TOF масс-спектрометрия позволяет с высокой точностью определять наличие генетических полиморфизмов и в отличие от других масс-спектрометрических методов не приводит к деградации нуклеиновых кислот и образованию многозарядных ионов в ходе ионизации.

  • Не требуется использование изотопных или флуоресцентных меток.
  • Высокая точность и скорость анализа.

Схема проведения анализа 

Объектом исследования служит образец ДНК, выделенный из венозной крови пациента

Масс-спектрометрический этап

Аналитическая мишень:
AnchorChip 400TF-384 (Bruker Daltonics) Стальной тефлонизированный планшет на 384 образца

Матрица:
3-гидроксипиколиновая кислота
Продукты реакции минисеквенирования наносят на планшет и покрывают раствором
3-гидроксипиколиновой кислоты

 

Принцип метода:
и  змерение отношения массы заряженных частиц к их заряду.

Результаты измерения представляют собой масс-спектры. По наличию в масс-спектрах продуктов реакции минисеквенирования пиков, соответствующих ионам определенной ожидаемой молекулярной массы, выносят суждение о нуклеотидном контексте в данном положении.

 

Использование высокоточных методов масс-спектрометрического анализа (SNP-типирование) дает возможность определять как гомозиготные, так и гетерозиготные варианты полиморфизмов в клинических образцах.